Antes de mais nada, a morfologia é comparativa, o que significa que o morfologista examina estruturas em diversas plantas da mesma ou de diferentes espécies e, em seguida, faz comparações e formula idéias sobre semelhanças. Quando se acredita que estruturas em diferentes espécies possuem a mesma origem embrionária, essas estruturas são ditas homólogas. Por exemplo, as folhas de pinheiros, carvalhos, couve são todas muito diferentes, mas partilham determinadas estruturas básicas e disposição destas. A homologia de folhas é uma conclusão fácil de fazer. O morfologista vai mais longe, e descobre que os espinhos dos cactos também partilham a mesma estrutura básica e desenvolvimento como folhas em outras plantas, e, por conseguinte, os espinhos dos cactos são homólogas às folhas também. Este aspecto da morfologia vegetal se sobrepõe com o estudo da evolução vegetal e paleobotânica.
Em segundo lugar, observa tanto as estruturas vegetativas (somáticas), bem como as estruturas reprodutivas. As estruturas vegetativas das plantas vasculares incluem o estudo do sistema de caulinar, composto de caules e folhas, bem como o sistema radicular. As estruturas reprodutivas são mais variadas, e são normalmente específicos para um determinado grupo de plantas, como flores e sementes, esporos das pteridófitas, cápsulas das briófitas. O estudo detalhado das estruturas reprodutivas das plantas levou à descoberta da alternância de gerações encontrado em todas as plantas e maioria das algas. Esta área da morfologia vegetal se sobrepõe ao estudo da biodiversidade vegetal e sistemática.
Em terceiro lugar, morfologia vegetal estuda as estruturas vegetais em várias escalas. A menor escala é a ultraestrutura, em geral são características estruturais das células visíveis apenas com o auxílio de um microscópio eletrônico, e citologia, o estudo de células usando microscopia óptica. Nesta escala, morfologia vegetal se sobrepõe à anatomia vegetal, como um campo de estudo. Na maior escala é o estudo do hábito de crescimento das plantas, a arquitetura geral do vegetal. O padrão de ramificação em uma árvore irá variar de espécie para espécie, como será a aparência de uma planta, podendo ser árvore, arbusto, ou erva.
Em quarto lugar, morfologia vegetal examina o padrão de desenvolvimento, o processo pelo qual estruturas se originam e amadurecem ao longo do crescimento da planta. Embora todos os animais produzam todas as partes do corpo que possuam desde cedo em sua vida, as plantas produzem constantemente novos tecidos e estruturas ao longo da sua vida. Uma planta viva sempre tem tecidos embrionários. A forma como as novas estruturas amadurecem a partir de sua produção pode ser afetada pelo ponto da vida das plantas em que elas começam a desenvolver, bem como pelo ambiente em que as estruturas estão expostas. Um morfologista estudos este processo, as suas causas, e seu resultado. Esta área da morfologia vegetal se sobrepõe à fisiologia vegetal e ecologia.
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